En la nota del Episcopado polaco se relata que el futuro beato fue advertido del peligro que corría e instado a abandonar Ploki. Sin embargo, durante uno de sus sermones expresó: “Aunque caiga muerto, no dejaré de predicar este Evangelio y no renunciaré a mi propia cruz”.
La noche del 11 al 12 de mayo de 1946, una milicia comunista formada por veinte hombres asaltó la rectoría, se le leyó al sacerdote la sentencia de muerte y luego fue llevado afuera. El P. Rapacz fue arrastrado con una cuerda alrededor de la iglesia y golpeado brutalmente. Posteriormente, fue trasladado a un bosque lejano donde le dispararon.
“Quedó en la memoria de sus feligreses como un sacerdote que iba todas las noches a la iglesia para orar durante mucho tiempo ante el Santísimo Sacramento por la salvación del pueblo a él confiado”, afirma el Arzobispo de Cracovia, Mons. Marek Jedraszewski, en su carta de Cuaresma citada por el Episcopado.