Lamentablemente, su esposo, Luis I, murió víctima de la peste, contagiado camino de la cruzada organizada por Federico II. Isabel sufrió muchísimo la ausencia de su esposo, quien la había apoyado siempre en sus iniciativas. Luego vendría una seguidilla de conflictos en la corte que desembocaron en la toma abrupta de la corona por mano de su cuñado.
En ausencia de Luis, Isabel se había encargado de la administración de la casa real y había dado señales políticas muy positivas al pueblo, como un largo viaje a lo largo y ancho de todo el principado. Por eso su cuñado, al asumir el trono, le prohibió a Isabel que continuara con sus obras de caridad. El nuevo gobernante veía a Isabel como rival, por lo que ella decidió dejar la corte.
“Voy para la gloria” (Sta. Isabel de Hungría)
Isabel, habiendo previsto que a sus hijos no les falte nada, tomó el hábito de la tercera orden de San Francisco de Asís. A partir de entonces, vivió una vida de pobreza: hilaba o cargaba lana para su sustento y el de los enfermos a su cuidado; vivió austeramente y trabajó hasta el final de sus cortos días. Murió el 17 de noviembre de 1231, muy joven, a los 24 años.