El presidente Plutarco Elías Calles, habiendo tomado noticia de las actividades clandestinas que realizaban algunos sacerdotes como el Padre Pro y sus amigos, se propuso acabar con estas y organizó a la Policía para tal fin. Se arrestó primero a varios líderes católicos y luego a casi cualquiera que intentase practicar su fe.
Los detenidos eran generalmente torturados y en muchos casos ejecutados sin proceso judicial alguno. Mientras tanto, el Padre Miguel se las ingeniaba para escabullirse y continuar con su servicio sacerdotal.
En una oportunidad, se encontraba dando una charla espiritual a un centenar de jovencitas en un teatro, a puerta cerrada, cuando la Policía inició una redada para detenerlo. El Padre Pro, gracias a la colaboración de las asistentes, pudo huir entre los techos de las casas aledañas, sin que nadie lo delatase.
En otra ocasión, el sacerdote iba en un taxi y se percató de que lo seguían. Entonces pidió al taxista que siguiera avanzando, mientras él disimuladamente se lanzaba a la calle. Una vez repuesto, empezó a andar entre la gente como borracho, con el propósito de despistar a sus perseguidores. Cuando estos llegaron a reconocerlo, ya era muy tarde: el beato estaba fuera de su alcance.