En 1594, San Nicolás Owen fue capturado y encarcelado junto a su amigo el Padre John Gerard. Lo torturaron, pero no entregó ninguna información sobre la ubicación de los refugios. Al final, sus avariciosos captores lo soltaron, previa entrega de una suma de dinero reunida por un grupo de católicos que sabía de la importancia de su trabajo.
Más adelante, terminaría en la Torre de Londres, acusado de traición al rey -y es que el buen carpintero volvería "a las andadas" construyendo más "madrigueras"-. El santo aprovechó su liberación para idear y concretar la audaz fuga del Padre Gerard.
En enero de 1606, Nicolás Owen se hallaba escondido junto a dos sacerdotes, los Padres Garnet y Oldcorne. De pronto se percataron de que estaban rodeados. Nicolás sabía que lo buscaban a él, así que salió de su escondite y se entregó con la intención de que las autoridades abandonaran la búsqueda y no encontraran a los clérigos, a quienes consideraba más importantes para la salvación de Inglaterra. Y así sucedió.
La Torre de Londres se convertiría en su última morada. Aun cuando fue sometido a terribles torturas no delató a nadie. Por varios días sus verdugos los suspendieron en el aire durante horas. Finalmente, su cuerpo no pudo más -tenía una hernia que reventó- y murió el 2 de marzo de 1606.