San Martín nació en Lima (Perú) en 1579. Su nombre completo fue Juan Martín de Porres Velázquez, hijo de un noble español de origen burgalés, don Juan de Porras, y una mujer de raza negra liberta, doña Ana Velázquez, natural de Panamá.
Desde niño, Martín dio muestras de tener un corazón solidario y sensible frente al sufrimiento de la gente. Solía manifestar su preocupación por quienes estaban enfermos o vivían en pobreza. Aprendió el oficio de barbero y algunos rudimentos de medicina, cercanos a lo que haría hoy un ‘herborista’. A los quince años pidió ser admitido en la Orden de Santo Domingo de Guzmán, a la que ingresó como hermano terciario, ya que era hijo ilegítimo y no tenía mayor educación.
Ya en el convento, trabajó como enfermero. Empezó a hacerse conocido por su amabilidad en el trato, sin hacer diferencias entre pobres y ricos, ni entre blancos, negros o indios. Atendía a quien se presentase en la enfermería con el mismo cuidado y esmero. Martín se ganó así el cariño de todos, y aunque inicialmente hubo reservas contra él entre los frailes, dado su origen “ilegítimo”, en 1603, hizo su profesión religiosa.