La producción de Scorsese plantea interrogantes sobre la fe y el aparente silencio de Dios frente al sufrimiento, lo que la convierte en una obra tanto reflexiva como polémica. Esto es especialmente evidente en las crisis de fe experimentadas por su protagonista, quien finalmente abandona su misión de evangelización en Japón y reniega de su fe. El jesuita termina integrándose a la sociedad japonesa, adoptando un estilo de vida secular, asumiendo un nombre japonés, contrayendo matrimonio y viviendo el resto de sus días en el país hasta su fallecimiento.
El obispo español Mons. José Ignacio Munilla criticó la película en el 2017, y manifestó que Silence era una proyección de una “mentalidad relativista”.
Mons. Munilla explicó que la película “le decepcionó” porque no es fiel al martirio que aconteció en aquel tiempo. “Los padres jesuitas, ellos por delante, dieron un testimonio de fidelidad en medio de aquella prueba martirial y, desde luego, la apostasía en ningún momento fue la que allí primó”, afirmó.
“Esta película lo que está planteando es que los que iban al martirio eran los fieles más sencillos que no tenían una formación teológica y cultural. Pero los jesuitas que estaban más formados, terminaban apostatando. Como si con la fe adulta de los jesuitas se les puede permitir hacer esta distinción: 'apostato por fuera aunque por dentro siga siendo cristiano; pero el pueblo menos formado debe ir al martirio de cabeza'. Eso, históricamente, es totalmente falso. En aquel momento los evangelizadores que predicaron al pueblo fueron los que abrieron el martirio, quienes iban por delante”, criticó.
