Tras desempeñar su ministerio sacerdotal en la catedral de Córdoba y ser prefecto de estudios del Colegio seminario Nuestra Señora de Loreto, el 19 de noviembre de 1869 fue elegido vicario del departamento San Alberto, con unos 10 mil habitantes de toda Traslasierra. Se instaló entonces en Villa del Tránsito, la localidad que desde 1916 lleva su nombre.
Más adelante, el P. Brochero tuvo un papel activo en la epidemia de cólera que se desató en Córdoba. “Se le veía correr de enfermo en enfermo, ofreciendo al moribundo el religioso consuelo, recogiendo su última palabra y cubriendo las miserias de sus deudos. Este ha sido uno de los períodos más ejemplares, más peligrosos, más fatigantes y heroicos de su vida”, señaló su amigo Ramón J. Cárcano.
Murió ciego, padeciendo de lepra. “Murió de la forma en que vivió, con mucha humildad y sencillez”, afirmó el P. Guido Ricotti, actual párroco de Villa Cura Brochero.
El Cura Brochero fue declarado venerable en febrero de 2004 por San Juan Pablo II. El 20 de diciembre de 2012, Benedicto XVI firmó el decreto que reconocía el milagro atribuido a la intercesión de Brochero.