No conforme con lo logrado hasta entonces, con 20 años el santo marchó hacia el monte Subiaco para vivir en absoluta soledad. Allí se instaló en una cueva. Más tarde se haría de la guía espiritual de un ermitaño. Años después, como parte de su búsqueda, se unió a los monjes de Vicovaro, quienes lo eligieron prior en virtud de su espíritu disciplinado.
En Vicovaro brotaron las primeras animadversiones contra Benito, aparecidas en los corazones de los monjes que no estaban de acuerdo con la disciplina impuesta por el santo. Algunos de sus hermanos en el monasterio llegaron incluso a conspirar para asesinarlo.
Cuenta la tradición que un día, a la hora de los alimentos, uno de los monjes le sirvió a Benito un vaso con agua envenenada. El abad lo recibió y lo puso sobre la mesa frente a sí. Antes de beber, como de costumbre, hizo la señal de la cruz y sin querer golpeó la copa, que cayó al suelo, haciéndose pedazos. Un sospechoso alboroto se produjo tras el hecho que acabó con los conspiradores, quienes quedaron en evidencia. Esto precipitó que San Benito se aleje de aquel monasterio definitivamente, no sin antes reprochar a aquellos "hombres de Dios" la gravedad de sus actos.