Nuestro Señor, por su gran amor a Nicolás, quiso conducir al santo a la cumbre de la perfección, y para ello, lo llevó a ejercer la virtud de distintos modos. Nicolás padeció por mucho tiempo de dolores de estómago, así como malos humores.
Hacia los últimos años de su vida, cuando estaba pasando por una enfermedad prolongada, sus superiores le ordenaron que tomara alimentos más fuertes que las pequeñas raciones que acostumbraba ingerir, pero sin éxito, ya que, a pesar de que el santo obedeció, su salud continuó igual. Una noche se le apareció la Virgen María, le dio instrucciones de que pidiera un trozo de pan, lo mojara en agua y luego se lo comiera, prometiéndole que se curaría por su obediencia. Como gesto de gratitud por su inmediata recuperación, Nicolás comenzó a bendecir trozos de pan similares y a distribuirlos entre los enfermos. Esta práctica produjo favores numerosos y grandes sanaciones.
En conmemoración de estos milagros, el santuario del santo conserva una distribución mundial de los "Panes de San Nicolás" que son bendecidos y continúan concediendo favores y gracias.