Después de la muerte de Santa Teresa, ocurrida en 1582, se hizo cada vez más pronunciada una división entre los descalzos. San Juan apoyaba la política de moderación del provincial, Jerónimo de Castro, en tanto que el P. Nicolás Doria, que era muy extremoso, pretendía independizar absolutamente a los descalzos de la otra rama de la orden.
El P. Nicolás fue elegido provincial y el capítulo general nombró a Juan vicario de Andalucía. El santo se consagró a corregir ciertos abusos, especialmente los que procedían del hecho de que los frailes tuviesen que salir del monasterio a predicar. El santo opinaba que la vocación de los descalzos era esencialmente contemplativa. Ello provocó oposición contra él.
San Juan fundó varios conventos y, al expirar su período de vicario, fue nombrado superior de Granada. Entre tanto, la idea del P. Nicolás había ganado mucho terreno y el capítulo general que se reunió en Madrid en 1588, obtuvo de la Santa Sede un breve que autorizaba una separación aún más pronunciada entre los descalzos y los mitigados. A pesar de las protestas de algunos, se privó al venerable P. Jerónimo Gracián de toda autoridad y se nombró vicario general al P. Doria. La provincia se dividió en seis regiones, cada una de las cuales nombró a un consultor para ayudar al P. Gracián en el gobierno de la congregación. San Juan fue uno de los consultores.
La innovación produjo grave descontento, sobre todo entre las religiosas. La venerable Ana de Jesús, que era entonces superiora del convento de Madrid, obtuvo de la Santa Sede un breve de confirmación de las constituciones, sin consultar el asunto con el vicario general. Finalmente, se llegó a un compromiso en ese asunto. Sin embargo, en el capítulo general de Pentecostés de 1591, San Juan habló en defensa del P. Gracián y de las religiosas.
El P. Doria, que siempre había creído que el santo estaba aliado con sus enemigos, aprovechó la ocasión para privarle de todos sus cargos y le envió como simple fraile al remoto convento de La Peñuela. Ahí pasó San Juan algunos meses entregado a la meditación y la oración en las montañas, "porque tengo menos materia de confesión cuando estoy entre las peñas que cuando estoy entre los hombres."
Pero no todos estaban dispuestos a dejar en paz al santo, ni siquiera en aquel rincón perdido. Siendo vicario provincial, San Juan, durante la visita al convento de Sevilla, había llamado al orden a dos frailes y había restringido sus licencias de salir a predicar. Por entonces, los dos frailes se sometieron pero un consultor de la congregación recorrió toda la provincia tomando informes sobre la vida y conducta de San Juan, lanzando acusaciones contra él, afirmando que tenía pruebas suficientes para hacerle expulsar de la orden. Muchos de los frailes prefirieron seguir la corriente adversa a Juan que decir la verdad que hace justicia. Algunos llegaron hasta quemar sus cartas para no caer en desgracia.
En medio de esa tempestad San Juan cayó enfermo. El provincial le mandó salir del convento de Peñuela y le dio a escoger entre el de Baeza y el de Ubeda. El primero de esos conventos estaba mejor provisto y tenía por superior a un amigo del santo. En el otro era superior el P. Francisco, a quien San Juan había corregido junto con el P. Diego. Ese fue el convento que escogió.
La fatiga del viaje empeoró su estado y le hizo sufrir mucho. Con gran paciencia, se sometió a varias operaciones. El indigno superior le trató inhumanamente, prohibió a los frailes que le visitasen, cambió al enfermero porque le atendía con cariño, sólo le permitía comer los alimentos ordinarios y ni siquiera le daba los que le enviaban algunas personas de fuera. Cuando el provincial fue a Ubeda y se enteró de la situación, hizo cuanto pudo por San Juan y reprendió tan severamente al P. Francisco, que éste abrió los ojos y se arrepintió.