San Juan murió pacíficamente en Efeso hacia el tercer año del reinado de Trajano, es decir hacia el año cien de la era cristiana, cuando tenía la edad de noventa y cuatro años, de acuerdo con San Epifanio.
Según los datos que nos proporcionan San Gregorio de Nissa, el Breviarium sirio de principios del siglo quinto y el Calendario de Cartago, la práctica de celebrar la fiesta de San Juan el Evangelista inmediatamente después de la de San Esteban, es antiquísima. En el texto original del Hieronymianum, (alrededor del año 600 P.C.), la conmemoración parece haber sido anotada de esta manera: "La Asunción de San Juan el Evangelista en Efeso y la ordenación al episcopado de Santo Santiago, el hermano de Nuestro Señor y el primer judío que fue ordenado obispo de Jerusalén por los Apóstoles y que obtuvo la corona del martirio en el tiempo de la Pascua". Era de esperarse que en una nota como la anterior, se mencionaran juntos a Juan y a Santiago, los hijos de Zebedeo; sin embargo, es evidente que el Santiago a quien se hace referencia, es el otro, el hijo de Alfeo.
La frase "Asunción de San Juan", resulta interesante puesto que se refiere claramente a la última parte de las apócrifas "Actas de San Juan". La errónea creencia de que San Juan, durante los últimos días de su vida en Efeso, desapareció sencillamente, como si hubiese ascendido al cielo en cuerpo y alma puesto que nunca se encontró su cadáver, una idea que surgió sin duda de la afirmación de que aquel discípulo de Cristo "no moriría", tuvo gran difusión aceptación a fines del siglo II. Por otra parte, de acuerdo con los griegos, el lugar de su sepultura en Efeso era bien conocida y aun famosa por los milagros que se obraban allí.
El "Acta Johannis", que ha llegado hasta nosotros en forma imperfecta y que ha sido condenada a causa de sus tendencias heréticas, por autoridades en la materia tan antiguas como Eusebio, Epifanio, Agustín y Toribio de Astorga, contribuyó grandemente a crear una leyenda. De estas fuentes o, en todo caso, del pseudo Abdías, procede la historia en base a la cual se representa con frecuencia a San Juan con un cáliz y una víbora. Se cuenta que Aristodemus, el sumo sacerdote de Diana en Efeso, lanzó un reto a San Juan para que bebiese de una copa que contenía un líquido envenenado. El Apóstol tomó el veneno sin sufrir daño alguno y, a raíz de aquel milagro, convirtió a muchos, incluso al sumo sacerdote. En ese incidente se funda también sin duda la costumbre popular que prevalece sobre todo en Alemania, de beber la Johannis-Minne, la copa amable o poculum charitatis, con la que se brinda en honor de San Juan. En la ritualia medieval hay numerosas fórmulas para ese brindis y para que, al beber la Johannis-Minne, se evitaran los peligros, se recuperara la salud y se llegara al cielo.
San Juan es sin duda un hombre de extraordinaria y al mismo tiempo de profundidad mística. Al amarlo tanto, Jesús nos enseña que esta combinación de virtudes debe ser el ideal del hombre, es decir el requisito para un hombre plenamente hombre. Esto choca contra el modelo de hombre machista que es objeto de falsa adulación en la cultura, un hombre preso de sus instintos bajos. Por eso el arte tiende a representar a San Juan como una persona suave, y, a diferencia de los demás Apóstoles, sin barba. Es necesario recuperar a San Juan como modelo: El hombre capaz de recostar su cabeza sobre el corazón de Jesús, y precisamente por eso ser valiente para estar al pie de la cruz como ningún otro. Por algo Jesús le llamaba "hijo del trueno". Quizás antes para mal, pero una vez transformado en Cristo, para mayor gloria de Dios.