Por medio de una de las naves, Francisco Javier escribió desde ahí varias cartas. Una de ellas iba dirigida a Pereira, a quien el santo decía: "Si hay alguien que merezca que Dios le premie en esta empresa, sois vos. Y a vos se deberá su éxito". En seguida, describía las medidas que había tomado: con mucha dificultad y pagando generosamente, había conseguido que un mercader chino se comprometiese a desembarcar de noche en Cantón, no sin exigirle que jurase que no revelaría su nombre a nadie. En tanto que llegaba la ocasión de realizar el proyecto, Javier cayó enfermo. Como sólo quedaba uno de los navíos portugueses, el santo se encontró en la miseria. En su última carta escribió: "Hace mucho tiempo que no tenía tan pocas ganas de vivir como ahora". El mercader chino no volvió a presentarse. El 21 de noviembre, el santo se vio atacado por una fiebre y se refugió en el navío. Pero el movimiento del mar le hizo daño, de suerte que al día siguiente pidió que le trasportasen de nuevo a tierra. En el navío predominaban los hombres de Don Alvaro de Ataide, los cuales, temiendo ofender a éste, dejaron a Javier en la playa, expuesto al terrible viento del norte. Un compasivo comerciante portugués le condujo a su cabaña, tan maltrecha, que el viento se colaba por las rendijas. Ahí estuvo Francisco Javier, consumido por la fiebre. Sus amigos le hicieron algunas sangrías, sin éxito alguno. Entre los espasmos del delirio, el santo oraba constantemente. Poco a poco, se fue debilitando. El sábado 3 de diciembre, según escribió Antonio, "viendo que estaba moribundo, le puse en la mano un cirio encendido. Poco después, entregó el alma a su creador y Señor con gran paz y reposo, pronunciando el nombre de Jesús". San Francisco Javier tenía entonces cuarenta y seis años y había pasado once en el oriente. Fue sepultado el domingo por la tarde. Al entierro asistieron Antonio, un portugués y dos esclavos.