Goa era colonia portuguesa desde 1510. Había ahí un número considerable de cristianos, con obispo, clero y varias iglesias. Desgraciadamente, muchos de los portugueses se habían dejado arrastrar por la ambición, la usura y los vicios, hasta el extremo de que muchos abandonaban la fe. Los sacramentos habían caído en desuso; se usaba el rosario para contar el número de azotes que mandaban dar a sus esclavos. La escandalosa conducta los cristianos alejaba de la fe a los infieles. Esto fue un reto para San Francisco Javier. Además, fuera de Goa había a lo más, cuatro predicadores y ninguno de ellos era sacerdote. El misionero comenzó por instruir a los portugueses en los principios de la religión y a formar a los jóvenes en la práctica de la virtud. Después de pasar la mañana en asistir y consolar a los enfermos y a los presos, en hospitales y prisiones miserables, recorría las calles tocando una campanita para llamar a los niños y a los esclavos al catecismo. Estos acudían en gran cantidad y el santo les enseñaba el Credo, las oraciones y la práctica de la vida cristiana. Todos los domingos celebraba la misa a los leprosos, predicaba a los cristianos y a los hindúes y visitaba las casas. Su amabilidad y su caridad con el prójimo le ganaron muchas almas. Uno de los pecados más comunes era el concubinato de los portugueses de todas las clases sociales con las mujeres del país, dado que había en Goa muy pocas portuguesas. Tursellini, el autor de la primera biografía de San Francisco Javier, que fue publicada en 1594, describe con viveza los métodos que empleó el santo para combatir aquella vida de pecado. Por ellos, puede verse el tacto con que supo Javier predicar la moralidad cristiana, demostrando que no contradecía ni al sentido común, ni a los instintos verdaderamente humanos. Para instruir a los pequeños y a los ignorantes, el santo solía adaptar las verdades del cristianismo a la música popular, un método que tuvo tal éxito que, poco después, se cantaban las canciones que él había compuesto, lo mismo en las calles que en las casa, en los campos que en los talleres.