Las carmelitas, como la mayoría de las religiosas, habían decaído mucho del primer fervor, a principios del siglo XVI. Ya hemos visto que los recibidores de los conventos de Ávila eran una especie de centro de reunión de las damas y caballeros de la ciudad. Por otra parte, las religiosas podían salir de la clausura con el menor pretexto, de suerte que el convento era el sitio ideal para quien deseaba una vida fácil y sin problemas. Las comunidades eran sumamente numerosas, lo cual era a la vez causa y efecto de la relajación. Por ejemplo, en el convento de Ávila había 140 religiosas.
Santa Teresa comenta más tarde: "La experiencia me ha enseñado lo que es una casa llena de mujeres. ¡Dios nos guarde de ese mal!" Ya que tal estado de cosas se aceptaba como normal, las religiosas no caían generalmente en la cuenta de que su modo de vida se apartaba mucho del espíritu de sus fundadores. Así, cuando una sobrina de Santa Teresa, que era también religiosa en el convento de la Encarnación de Ávila, le sugirió la idea de fundar una comunidad reducida, la santa la consideró como una especie de revelación del cielo, no como una idea ordinaria. Teresa, que llevaba ya veinticinco años en el convento, resolvió poner en práctica la idea y fundar un convento reformado. Doña Guiomar de Ulloa, que era una viuda muy rica, le ofreció ayuda generosa para la empresa.
San Pedro de Alcántara, San Luis Beltrán y el obispo de Ávila, aprobaron el proyecto, y el P. Gregorio Fernández, provincial de las carmelitas, autorizó a Teresa a ponerlo en práctica. Sin embargo, el revuelo que provocó la ejecución del proyecto hizo que el provincial retirase el permiso y Santa Teresa fue objeto de las críticas de sus propias hermanas, de los nobles, de los magistrados y de todo el pueblo. A pesar de eso, el P. Ibañez, dominico, alentó a la santa a proseguir la empresa con la ayuda de Doña Guiomar. Doña Juana de Ahumada, hermana de Santa Teresa, emprendió con su esposo la construcción de un convento en Ávila en 1561, pero haciendo creer a todos que se trataba de una casa en la que pensaban habitar. En el curso de la construcción, una pared del futuro convento se derrumbó y cubrió bajo los escombros al pequeño Gonzalo, hijo de Doña Juana, que se hallaba ahí jugando. Santa Teresa tomó en brazos al niño, que no daba ya señales de vida, y se puso en oración; algunos minutos más tarde, el niño estaba perfectamente sano, según consta en el proceso de canonización. En lo sucesivo, Gonzalo solía repetir a su tía que estaba obligada a pedir por su salvación, puesto que a sus oraciones debía el verse privado del cielo.
Por entonces, llegó de Roma un breve que autorizaba la fundación del nuevo convento. San Pedro de Alcántara, Don Francisco de Salcedo y el Dr. Daza, consiguieron ganar al obispo a la causa, y la nueva casa se inauguró bajo sus auspicios el día de San Bartolomé de 1562. Durante la misa que se celebró en la capilla con tal ocasión, tomaron el velo la sobrina de la santa y otras tres novicias.
La inauguración causó gran revuelo en Ávila. Esa misma tarde, la superiora del convento de la Encarnación mandó llamar a Teresa y la santa acudió con cierto temor, "pensando que iban a encarcelarme". Naturalmente tuvo que explicar su conducta a su superiora y al P. Angel de Salazar, provincial de la orden. Aunque la santa reconoce que no faltaba razón a sus superiores para estar disgustados, el P. Salazar le prometió que podría retornar al convento de San José en cuanto se calmase la excitación del pueblo.
La fundación no era bien vista en Ávila, porque las gentes desconfiaban de las novedades y temían que un convento sin fondos suficientes se convirtiese en una carga demasiado pesada para la ciudad. El alcalde y los magistrados hubiesen acabado por mandar demoler el convento, si no los hubiese disuadido de ello el dominico Báñez. Por su parte, Santa Teresa no perdió la paz en medio de las persecuciones y siguió encomendando a Dios el asunto; el Señor se le apareció y la reconfortó.
Entre tanto, Francisco de Salcedo y otros partidarios de la fundación enviaron a la corte a un sacerdote para que defendiese la causa ante el rey, y los dos dominicos, Báñez e Ibáñez, calmaron al obispo y al provincial. Poco a poco fue desvaneciéndose la tempestad y, cuatro meses más tarde, el P. Salazar dio permiso a Santa Teresa de volver al convento de San José, con otras cuatro religiosas de la Encarnación.