Santa Teresa había visto en Juan un alma muy pura, a la que Dios había comunicado grandes tesoros de luz y cuya inteligencia había sido enriquecida por el cielo. Los escritos del santo justifican plenamente este juicio de Santa Teresa, particularmente los poemas de la "Subida al Monte Carmelo", la "Noche Oscura del Alma", la "Llama Viva de Amor" y el "Cántico Espiritual", con sus respectivos comentarios. Así lo reconoció la Iglesia en 1926, al proclamar doctor a San Juan de la Cruz por sus obras Místicas.
La doctrina de San Juan se resume en el amor del sufrimiento y el completo abandono del alma en Dios. Ello le hizo muy duro consigo mismo; en cambio, con los otros era bueno, amable y condescendiente. Por otra parte, el santo no ignoraba ni temía las cosas materiales, puesto que dijo: "Las cosas naturales son siempre hermosas; son como las migajas de la mesa del Señor."
San Juan de la Cruz vivió la renuncia completa que predicó tan persuasivamente. Pero a diferencia de otros menores que él, fue "libre, como libre es el espíritu de Dios". Su objetivo no era la negación y el vacío, sino la plenitud del amor divino y la unión sustancial del alma con Dios. "Reunió en sí mismo la luz extática de la Sabiduría Divina con la locura estremecida de Cristo despreciado".