Clara nació en Asís en 1194, probablemente el 16 de julio. Hija mayor del matrimonio de Favorino de Scifi y Ortolana, la cual era descendiente de una ilustre familia de Sterpeto, los Eiumi. Ambas familias pertenecían a la más augusta aristocracia de Asís,2 Favorino tenía el título de Conde de Sasso–Rosso. Clara tenía cuatro hermanos, un varón, Boson, y tres mujeres, Renenda, Inés y Beatriz.
Ortolana era una mujer de mucha virtud y piedad cristiana, y era devota de hacer largas peregrinaciones a Bari, Santiago de Compostela y Tierra Santa. Dice la tradición que antes de nacer Clara, el Señor le reveló en oración que la alumbraría de una brillante luz que habría de iluminar al mundo entero, y fue por eso que la niña recibió en el bautismo el nombre de Clara, el cual encierra dos significados, resplandeciente y célebre.
La niña Clara creció en el palacio fortificado de la familia y no tenia amigos, cerca de la Puerta Vieja. Se dice que desde su más corta edad sobresalió en virtud pero se mortificaba duramente usando ásperos cilicios de cerdas y rezaba todos los días tantas oraciones que tenía que valerse de piedrecillas para contarlas.
Cuando cumplió los 15 años, sus padres la prometieron en matrimonio a un joven de la nobleza, a lo que ella se resistió respondiendo que se había consagrado a Dios y había resuelto no conocer jamás a hombre alguno.