El superior de la Compañía de Jesús en Chile, P. Eugenio Valenzuela, envió unas disculpas al Presidente de la Conferencia Episcopal y Arzobispo de Santiago, Mons. Ricardo Ezzati,  por las declaraciones del sacerdote jesuita Felipe Berríos en las que atacó a los obispos y al Papa Juan Pablo II.

El diario La Tercera publicó parte del mensaje que el P. Valenzuela envió al Arzobispo vía correo electrónico. "Lamento mucho las declaraciones de Felipe. Encuentro que sus generalizaciones son injustas, nada aportan a la vida de la Iglesia y nuestra tarea evangelizadora. Le pido perdón y, a través suyo, nuestros pastores", dice el mensaje.

En una entrevista en el programa El Informante de Televisión Nacional (TVN), el ex capellán de Un Techo para Chile, Padre Felipe Berríos señaló que la Iglesia "ha lucrado creyéndose la dueña de la salvación" y criticó a los obispos acusándolos de no ser "capaces de jugársela por los que sufren". En la misma entrevista, el P. Berríos afirmó que el beato Juan Pablo II "hizo un gran daño la Iglesia".

Ante esta situación, el P. Valenzuela declaró a La Tercera que "no podemos desconocer lo mucho que la Iglesia, de muy diversas maneras, sirve a los más pobres y excluidos de nuestro país. Por eso extendí mis disculpas a Ezzati y a algunos obispos porque, si bien se dice verdad, me parece que hay una generalización injusta en cuanto al rol de la Iglesia y sus pastores".

Por su parte, Mons. Ezzati, durante una Misa dominical en la parroquia San Ignacio de Loyola abordó lo ocurrido y recordó que "todas las veces que algún cristiano se propone ser juez de los demás, y no el compañero de camino de los demás, se va marginando de la Iglesia".

Añadió que "hay hombres también al interior de la Iglesia que se creen absolutamente salvadores, superiores a todos los demás, que pueden dar criterios o pretender dar criterios de salvación. Cuan equivocados están".