Por el contrario, los efectivos turcos, también muy especializados en batallas navales, eran menores que los cristianos y muchos de ellos eran jenízaros, antiguos cristianos conversos al islam. Además, contaban con una gran cantidad de galeotes esclavos de dudosa lealtad.
La aparente igualdad de ambas armadas desapareció en cuanto comenzó la batalla. La artillería cristiana era mucho más efectiva que la otomana. Los cañones otomanos casi no lograron hacer daño a los barcos de la Santa Liga, mientras que los impactos de los cañones cristianos lograron hundir varias naves enemigas.
Pronto las piezas de artillería otomanas quedaron inutilizadas y sus galeras indefensas. Los barcos cristianos lograron abordarlas con relativa facilidad e iniciar el combate cuerpo a cuerpo, donde el peso de la infantería embarcada española es esencial para la victoria cristiana.
Mientras tanto, la nave capitana cristiana, La Real, comandada por don Juan de Austria, izó un gran pendón con la Cruz de Cristo, pendón que se conserva en el Hospital de la Santa Cruz de Toledo, hoy un museo. Pronto, La Real sufre el ataque de la nave capitana otomana, La Sultana, que fue rechazada y abordada.