En 1937, la Madre Czacka fue recibida en audiencia por el Papa Pío XI, quien cuando era Nuncio Apostólico en Varsovia dio a la fundadora valiosos consejos y orientaciones. El Pontífice escuchó atentamente su relato sobre el desarrollo de la obra y la bendijo.
Lamentablemente, la Segunda Guerra Mundial interrumpió drásticamente el desarrollo de la obra de la Madre Czacka. Durante el bombardeo de Varsovia en septiembre de 1939, la religiosa resultó herida y perdió un ojo. Un mes después, regresó a Laski para liderar la reconstrucción de una fábrica, una de las tantas infraestructuras destruidas por los alemanes.
Durante su estancia, la religiosa mostró amor a todos los que necesitaban ayuda, ignorando la aversión nacional hacia los alemanes. Además, en colaboración con los capellanes de la época: el P. Jan Zieją y más tarde el P. Stefan Wyszyński, que llegó a ser Cardenal y se hizo su gran amigo, el Departamento de Ciegos de Laski brindó apoyo a las unidades del Ejército Nacional ubicadas en el Bosque de Kampinos. Cabe destacar que antes del Levantamiento de Varsovia, la religiosa decidió organizar un hospital insurgente para los heridos.
En 1948, la Madre Czacka sufrió su primera apoplejía, y en 1949, debido a su enfermedad, entregó el cargo de superiora general; sin embargo, siguió sirviendo a la congregación y la obra durante diez años más, principalmente con sacrificio y oración. El 15 de mayo de 1961 la religiosa falleció en su habitación, ubicada al lado de la capilla de Laski.