El supuesto intento de ocultar los préstamos fuera de los libros fue detectado por la Prefectura para la Economía, entonces liderada por el Cardenal Pell. Importante autoridades de la Prefectura para la Economía dijeron a CNA que cuando el Cardenal Pell comenzó a exigir detalles de los préstamos, especialmente los que involucraban al banco suizo BSI, el entonces Arzobispo Becciu llamó al Purpurado a la Secretaría de Estado para una "reprimenda".
En 2016 Becciu tuvo un papel decisivo para frenar las reformas iniciadas por el Cardenal pell. Aunque el Papa Francisco le había dado a la nueva Prefectura para la Economía una autoridad de supervisión autónoma sobre las finanzas del Vaticano, Becciu interfirió cuando la secretaría financiera del Cardenal Pell planeó una auditoría externa de todos los departamentos del Vaticano, que sería conducida por la firma PriceWaterhouseCooper.
Unilateralmente, y sin permiso del Papa Francisco, Becciu canceló la auditoría y lo anunció en una carta a todos los departamentos del Vaticano.
Cuando el Cardenal Pell desafió internamente la cancelación de la auditoría, Becciu persuadió al Papa Francisco de dar su aprobación a su decisión, dijeron fuentes internas de la prefectura a CNA. La auditoría nunca se realizó.