El convento queda definitivamente fundado el 24 de agosto de 1562 con no poca oposición de parte de algunos sectores de la Iglesia, que incluso llegaron a acusar a Teresa de herejía. El revuelo causado la obligan a dejar el nuevo Convento de San José, que contaba con únicamente 4 religiosas, y regresar al Convento de la Encarnación.
El cambio, que Teresa asume con obediencia, le causa gran pesar. Deja la austeridad de su pequeño convento de San José, donde podía vivir la regla del Carmelo como Dios le pedía que debía vivir, por las comodidades casi palaciegas del Convento de la Encarnación.
Pero entonces recibe una nueva revelación en la que Dios le pide que tenga confianza y que no desfallezca. Un año después de abandonar su convento, regresa a San José e inicia una gran actividad de nuevas fundaciones, de administración de la orden y de actividad literaria.
Su profunda vida espiritual queda reflejada en otra de sus grandes obras, una de las obras cumbres del misticismo castellano, "Camino de Perfección", donde deja por escrito reflexiones y consejos para la vida contemplativa, además de una conocida meditación sobre la oración del Padrenuestro.
En total, a lo largo de su vida, Teresa fundó 17 conventos. A los tres libros ya citado, "Libro de la Vida", "Libro de las Fundaciones" y "Camino de Perfección", hay que sumar un cuarto: el "Libro de las Moradas".
En el "Libro de las Moradas", Santa Teresa explica el camino de fe para llegar a la plena comunión con Dios por medio de un camino en el que el cristiano debe ir haciendo una serie de etapas para entrar de morada en morada hasta la morada definitiva de Dios.
Santa Teresa de Jesús falleció en Alba de Tormes el 4 de octubre de 1582, fue beatificada por el Papa Pablo V en 1614 y canonizada por Gregorio XV en 1622. San Pablo VI la nombró doctora de la Iglesia en 1970.