En respuesta a rumores de que existiría una carta del Prefecto de la Congregación para la Doctrina de la Fe, Mons. Gerhard Müller, pidiendo al Arzobispado de Lima que mantenga el derecho de la ex Pontificia Universidad Católica del Perú (exPUCP) a enseñar Teología, fuentes del Arzobispado señalaron que esta medida tomada por el Cardenal Juan Luis Cipriani se mantiene.
El 21 de diciembre de 2012 el Arzobispado de Lima informó a la exPUCP que no se renovaría el mandato canónico vigente a los profesores del Departamento de Teología a partir del 1 de enero de este año.
Luego de este anuncio, algunos diarios peruanos y extranjeros como La Croix (Francia) y The Tablet (Reino Unido), publicaron a mediados de enero rumores de que Mons. Müller habría enviado una misiva al Cardenal Cipriani para que no retire la autorización de enseñar Teología en la exPUCP.