Antes de proyectar "El Capricho" en Comillas, Gaudí había realizado ya dos obras en aquellas tierras para Antonio López de Piélago, primer marqués de Comillas. En 1880 el arquitecto había instalado un conjunto de muebles de iglesia y en el año 1881 había construido un templete con el objeto de celebrar la visita del monarca Alfonso XII a aquella localidad. El promotor de "El Capricho", Máximo Díaz de Quijano, estaba emparentado con la familia López, lo que explica el conocimiento mutuo entre el cliente y el arquitecto así como la razón por la que Gaudí construyó el edificio en aquel lugar.
La edificación de la villa de veraneo se efectuó entre los años 1883 y 1885. Cristòfol Cascante, buen amigo y compañero de Gaudí, dirigió las obras dado que Gaudí estaba muy ocupado en Barcelona proyectando los pabellones de la finca Güell y dirigiendo la construcción de la Casa Vicens y de la Sagrada Familia. La contemporaneidad de la Casa Vicens y "El Capricho" explica que ambas utilicen un lenguaje muy próximo, por lo que se pueden encontrar varios aspectos muy parecidos, como su clara simplicidad constructiva, el predominio de la línea recta por encima de la curva y una abundante decoración exterior.
Dichos paralelismos resultan acentuados por dos aspectos; por una parte, porque Gaudí proyectó "El Capricho" desde Barcelona, a una gran distancia de Comillas y, por otra parte, porque esta distancia evitó una posible influencia de la arquitectura de aquella localidad. De hecho, a pesar de que se trata de un importante encargo entre las obras juveniles de Gaudí, todavía no se ha podido demostrar si viajó hasta Comillas para examinar su construcción.
Partiendo de planos topográficos del terreno, el arquitecto hubo de limitarse a la forma estrecha, alargada y en pendiente del solar. Forzado por dichas características, Gaudí proyectó la casa de forma alargada, estableciendo tres niveles, destinados a un subsuelo para el servicio, una planta noble para la vivienda y un desván. Las tres zonas estaban conectadas mediante un par de escaleras de caracol.
Desde el exterior se puede comprobar como un basamento de piedra hace sobresalir el resto del edificio que combina ladrillos de color amarillo y rojo, alternándolos con franjas horizontales revestidas de cerámica vidriada. La cerámica mezcla flores de girasol y hojas verdes en relieve, dos motivos igualmente presentes en la Casa Vicens. En su exterior también destacan dos pequeñas terrazas con barandillas de hierro que se transforman, en su parte central, en un banco protegido por una marquesina.
La cubierta del edificio originariamente estaba formada por tejas de color verde, que en el año 1914 fueron sustituidas por modernas placas de fibrocemento. Hacia 1980, fueron cambiadas por tejas de terracota que no consiguieron recuperar su original vistosidad. En uno de los extremos del tejado destaca un balcón del que nace una torre mirador de gran altura y fuerte personalidad, con una composición de clara influencia oriental.Debajo existe un pórtico de cuatro columnas de piedra con capiteles que representan hojas de palmera y pájaros. A través de dicho pórtico de entrada se accede al distribuidor de la planta noble que conduce a cuatro habitaciones con lavabo, un magnífico comedor y un espacioso salón de descanso. Originariamente estuvo compuesto por ventanas de guillotina con contrapesos que, al ser basculados, emitían sonidos y producían un curioso efecto de musicalidad.
Cien años después de su construcción, la villa "El Capricho" presentaba un deplorable estado y amenazaba ruina, circunstancia que condujo el gobierno autonómico de Cantabria a intentar adquirirlo para destinarlo a usos culturales. Finalmente, en el año 1976, el edificio fue comprado por un particular que lo reparó y lo abrió como restaurante en el año 1989. Durante el siguiente año fue vendido al grupo japonés Mido Development que ha mantenido la propiedad y lo explota como restaurante.
Pese a sus reformas sucesivas, el extenso jardín de "El Capricho" ha conseguido mantener su personalidad, conservando los trazados y caminos que Gaudí proyectó alrededor. El edificio fue declarado Monumento histórico-artístico de Interés Nacional en el año 1969.