Al morir su mamá, Gemma indicó: "Al perder a mi madre terrena me entregué a la Madre del cielo. Postrada ante su imagen, le dije: "¡María!, ya no tengo madre en la tierra; se tú desde el cielo mi Madre". Y también expresó: "¡Oh, cuántas veces -dice la santa- depositando en mi Mamá del cielo las angustias y penalidades de mi corazón afligido, ella me consolaba! Sí; yo recuerdo que hallándome en las mayores angustias, huérfana de madre en la tierra, me tendió cariñosamente los brazos la Madre del cielo".
Para Santa Gemma, la Eucaristía era el centro de su vida. Este deseo de recibir a Jesús en la Sagrada Hostia iba en aumento mientras pasaban los años. Si bien era cierto que ya estaba Confirmada, no podía recibir la Primera Comunión ya que no tenía la edad requerida en ese momento para recibir el Sacramento. Santa Gemma tenía 9 años.
Fue su confesor, el Obispo de Lucca, Monseñor Volpi, quien conociendo el anhelo tan grande de su corazón, le dijo a su padre que si no le daba el permiso para recibir la Comunión, Gemma moriría de dolor.
Fue así que Don Enrique dio el permiso para que las religiosas del Colegio de Santa Zita, donde Gemma asistía, la preparasen para recibir este Sacramento. Inmediatamente comenzó un retiro de 15 días con las demás niñas del colegio. Dice Santa Gemma: "Apenas me vi en el convento rebosaba de felicidad. Corrí a la capilla a dar gracias a Jesús y le pedí con gran fervor la gracia de prepararme bien para la primera comunión".
Hizo confesión general tres veces sucesivas con Monseñor Volpi, quien sería su confesor ordinario.
Llegó, por fin, el día tan anhelado, 17 de Junio 1887, fiesta del Sagrado Corazón. Las vivencias de Santa Gemma solo ella las puede explicar: "me siento incapaz de describir la experiencia de aquel encuentro. En ese momento comprendí que las delicias del cielo no son como las de la tierra. Hubiera anhelado no interrumpir nunca aquella unión con mi Dios. Me sentía cada vez más desprendida del mundo y más dispuesta para la unión con el Señor. Aquella misma mañana Jesús despertó en mi un gran deseo de ser religiosa".
A raíz de la primera comunión se afianza la vocación de Gemma. Ella misma lo afirma: "sentía desarrollarse en mí un ardiente anhelo de padecer y de ayudar a Jesús a sobrellevar la Cruz".
Más adelante, fallece su papá, situación dolorosa que produce la separación de los hermanos. Héctor emigra al Brasil, donde muere. Guido abandona la práctica religiosa e interrumpe sus estudios de farmacia en Pisa, que más tarde concluye. Julia y Angelina se quedan con las tías Elena y Elisa. Gemma y Antonio se refugian en Camaiore con los tíos Carolina Galgani y Domingo Lencioni.
Gemma poco a poco se fue alejando del Señor, aunque Él nunca la dejo de proteger y librar de pecados graves. Esta crisis se da hasta cuando tenía 20 años, en este momento Jesús permite una enfermedad grave para que Gemma retorne a Él con todo su corazón y nunca más se distraiga con las cosas del mundo. Ella cuenta: "De repente comencé a andar jorobada y a sentir dolores de riñón. Resistí durante algún tiempo, pero como la cosa iba peor, pedí permiso a la tía para regresar a Lucca".
Al continuar el dolor, el médico la atendió y diagnóstico osteítis en las vértebras lumbares con sucesivo absceso frío en los ingüinales. Se quedó paralítica de ambas piernas. El 28 de Enero de 1899 le sobreviene un dolor insoportable en la cabeza, fruto de una otitis media purulenta aguda con participación del mastoide. Los médicos, viendo que los remedios no producían mejoría y que la enfermedad avanzaba, la desahuciaron; solo por cumplimiento acuden de cuando en cuando a verla.
El 8 de Diciembre, Fiesta de la Inmaculada, Santa Gemma, indicó: "le dije a Jesús que no rezaría más si no me curaba. Y le pregunté qué pretendía teniéndome así. El ángel de la guarda me respondió: -Si Jesús te aflige en el cuerpo es para purificarte cada vez más en el espíritu".