De su tarea de consolador y maestro de espiritualidad hallamos una excelente ilustración en las Homilías sobre el Evangelio o sobre Ezequiel, pronunciadas en Roma en 590-593, cuando todo parecía derrumbarse. En Moralia llevó a cabo una exégesis del libro bíblico de Job. Presenta a Job como figura del Redentor; en su mujer ve simbolizada la vida carnal, y en sus amigos, a los herejes, orientando siempre la interpretación hacia las lecciones morales y teológicas.
Los Diálogos, escritos entre los años 593 y 594, fueron probablemente su obra más difundida. Habiéndose retirado por algún tiempo, cansado de las preocupaciones y responsabilidades de su cargo, a un lugar apartado, Gregorio expresa al diácono Pedro su disgusto por no haber podido dedicarse a la vida ascética, con la que tantos hombres pudieron alcanzar la perfección. Accediendo a los ruegos de Pedro, pasa luego a mostrar con ejemplos concretos la verdad de tal aserto, describiendo la vida y enumerando los milagros de santos italianos, tal como los aprendió de testimonios seguros o de su personal experiencia. La forma dialogada, usada ya desde antiguo en obras de este género, por ejemplo por Sulpicio Severo, constituye para el autor un simple medio para dar vivacidad a la narración y facilitar las transiciones; la forma intencionadamente simple y clara favoreció la grandísima difusión de la obra, pronto traducida a diversas lenguas y celebrada por escritores contemporáneos y posteriores.
Si la actividad política del papa Gregorio Magno tuvo una importancia excepcional para el equilibrio político-religioso de la Europa medieval, su obra literaria constituyó hasta el siglo XII una incomparable fuente de meditación y de luz espiritual para todo el Occidente. A él se le atribuye también la compilación del Antifonario gregoriano, gran colección de cantos de la Iglesia romana.