Ante la persecución, el Padre Pro nunca dejó su ministerio sacerdotal. Se valía de sus dones y, sobre todo, de su profunda fe para continuar valientemente su ministerio. Hacía unas maniobras que desconcertaba a la policía.
Mientras la policía lo buscaba de casa en casa para matarlo, él, muy campante, estaba en un teatro dictando conferencias espirituales a más de cien muchachas del servicio. Y ninguna de ellas contó a nadie dónde estaba el Padre Pro.
Iba el Padre Pro en un taxi y, de pronto se dio cuenta de que la policía lo venía persiguiendo en otro carro. –"Siga usted su viaje, sin detenerse"– dijo al taxista –"que yo me lanzo a la calle". Y así lo hizo. Pero para disimular el porrazo que se daba, echó luego a andar por la calle con caminado de borracho y diciendo palabras sonoras. La policía creyó que era un verdadero borracho y siguió adelante. Sólo unos minutos después se dieron cuenta los agentes de que el tal "borrachito" era el "Padre Pro", y se devolvieron corriendo, pero ya se les había escapado.
Un día en plena calle se dio cuenta de que unos policías venían en su busca. Entró entonces a una farmacia y, tomando del brazo a una hermosa señorita, le dijo: "Diga que es mi novia, porque, si no, me echan a la cárcel"–. La señorita aceptó, y la policía al verlo del brazo con una muchacha (él iba vestido de civil) creyó que éste no podía ser el padre que ellos buscaban... Unos momentos después llegó el sargento y al describirle ellos cómo era el "novio", les grito furioso: "¡Pues ese es el cura Pro!". Corrieron a prenderlo, pero ya se les había escapado otra vez.
Estando el Padre Pro en un alto edificio, presidiendo una reunión de muchachos de Acción Católica, cuando menos pensaron, se hallaron con que la policía había rodeado el edificio. El Padre se escondió en un armario en el preciso momento en que entraba al salón el coronel, con dos pistolas en las manos, preguntando por "El Cura Pro". Los muchachos le dijeron que ellos no sabían dónde estaría dicho sacerdote, pero el militar, lleno de furia les gritó: "Tienen un minuto para que me digan dónde está ese padre, o los mato a todos".
Más en ese momento sintió que le colocaban un cañón frío en la nuca. Era el Padre Pro, que había salido del armario. –"Suelte esas pistolas o muere", le dijo el Padre. El coronel, tembloroso, soltó las pistolas que fueron recogidas por los muchachos. –"Ahora ustedes huyan", gritó Miguel Pro a los jóvenes. Y éstos salieron apresuradamente a esconderse y salir luego por los subterráneos del edificio. Luego el Padre dijo con tono picaresco: "Y usted, señor coronel, vuélvase, para que vea con qué lo puse manos a lo alto y lo desarmé".
El coronel dio media vuelta y vio con gran humillación que el cañón frío que había sentido con miedo en la nuca era el pico de una botella vacía. Con una simple botella vacía había desarmado el padrecito a un coronel que llevaba en sus manos pistolas cargadas.