En diciembre de 2008, fue electo Secretario General del Episcopado por el período 2008-2011.
También ha sido Obispo Responsable y fundador del Centro Bíblico Pastoral para América Latina (CEBIPAL) del Consejo Episcopal Latinoamericano (CELAM), Secretario General del CELAM para el período 2011 -2015 y Obispo presidente del Departamento de Comunión eclesial y Diálogo por un periodo de cuatro años.
Mons. Silva fue nombrado por el Papa Francisco como Obispo Castrense de Chile el 7 de julio de 2015 y en noviembre de 2016 fue elegido presidente de la Conferencia Episcopal de Chile, entre otros cargos.
En su administración, como cabeza de la Iglesia en Chile, ha debido enfrentar la crisis por los abusos sexuales, de poder y de conciencia cometidos por algunos miembros del clero; además de los incendios a las iglesias en Chile en el marco del conflicto mapuche y del estallido social, en el periodo 2019-2020.