El Vaticano decidió expulsar a Roy Bourgeois de la orden de los Padres Maryknoll y del estado clerical, en razón de su persistente desobediencia y su constante apoyo a la ordenación sacerdotal de mujeres en Estados Unidos.
La decisión del 4 de octubre de la Congregación para la Doctrina de la Fe lo libera de sus promesas sacerdotales y de sus votos como religioso en la congregación a la que pertenecía.
El 8 de agosto de 2008, el exsacerdote Bourgeois pronunció una homilía en una "ordenación sacerdotal" femenina. Su participación en este evento le valió la excomunión automática.