Una de sus últimas declaraciones públicas se dio al día siguiente de la renuncia de Benedicto XVI. El 12 de febrero de 2013, D'Escoto dijo a Telesur –cadena afín al régimen chavista de Venezuela-, que "no es suficiente con que cambie un Papa. El Papa es un prisionero de la peor burocracia del mundo, que se corresponde con el imperialismo dentro de la Iglesia. La teología imperial de El Vaticano es su principal obstáculo".
"Tendremos que rezar mucho y seguir el ejemplo de nuestros profetas laicos para que ocurra una real transformación en el seno del Vaticano. El verdadero cristiano defiende los valores de Jesús: la lucha por la igualdad, la solidaridad y la paz. En una Iglesia imperial, lo primero que un cristiano tiene que ser es antimperialista y anticapitalista", afirmó entonces.
En agosto de 2014 Radio Vaticana informó que el Papa Francisco revocó la "suspensión a divinis" del P. D'Escoto luego que el sacerdote le enviara una carta expresando su deseo de "volver a celebrar la Santa Eucaristía antes de morir".
"El Padre D'Escoto ha escrito una carta al Papa, manifestando su deseo de 'volver a celebrar la Santa Eucaristía', 'antes de morir'. Respondiendo afirmativamente a su petición, Francisco ha encargado al superior general del Instituto acompañar al hermano en el proceso de reintegración al ministerio sacerdotal", indicó Radio Vaticana.