Regresó a Polonia en el año 1936, siendo director espiritual de Niepokalanów, y luego de 3 años, mientras se daba la Guerra Mundial, fue apresado junto a otros frailes y enviado a campos de concentración en Alemania y Polonia. Poco tiempo después, el día de la Inmaculada Concepción, es liberado.
En 1941 es nuevamente hecho prisionero y ésta vez es enviado a la prisión de Pawiak, y luego llevado al campo de concentración de Auschwitz, donde prosiguió su ministerio a pesar de las terribles condiciones de vida.
Los nazis siempre trataban a los prisioneros de una manera inhumana y antipersonal, de manera que los llamaban por números; a San Maximiliano le asignaron el número 16670. A pesar de los difíciles momentos en el campo su generosidad y su preocupación por los demás nunca le abandonaron.
El 3 de agosto de 1941, un prisionero escapa; y en represalia, el comandante del campo ordena escoger a 10 prisioneros para ser condenados a morir de hambre. Entre los hombres escogidos estaba el sargento Franciszek Gajowniczek, polaco como San Maximiliano, casado y con hijos.
"No hay amor más grande que éste: dar la vida por sus amigos"
(Jn 15, 13).
San Maximiliano, que no se encontraba dentro de los 10 prisioneros escogidos, se ofrece a morir en su lugar. El comandante del campo acepta el cambio.
Luego de 10 días de su condena y al encontrarlo todavía con vida, los nazis le colocan una inyección letal el 14 de agosto de 1941.
