Juan XXIII escribió ocho encíclicas en total, según el siguiente orden cronológico:
- Ad Petri Cathedram (29 de junio de 1959);
- Sacerdotii Nostri Primordia (1 de agosto de 1959);
- Grata Recordatio (26 de septiembre de 1959);
- Princeps Pastorum (28 de noviembre de 1959);
- Mater et Magistra (15 de mayo de 1961);
- Aeterna Dei Sapientia (11 de noviembre de 1961);
- Paenitentiam Agere (1 de julio de 1962);
- Pacem in terris (11 de abril de 1963).
Su magisterio social en las encíclicas Mater et Magistra y Pacem in terris fue profundamente apreciado. En ambas pastorales se insiste sobre los derechos y deberes derivados de la dignidad del hombre como criatura de Dios.La encíclica Pacem in terris fue dirigida no solo a los católicos, sino «a todos los hombres de buena voluntad». Escrita en plena guerra fría luego de la crisis de los misiles en Cuba de octubre de 1962, la encíclica contiene un rechazo incondicional de la carrera de armamentos y de la guerra en sí misma. Sostiene que en la era atómica resulta impensable que la guerra se pueda utilizar como instrumento de justicia. Esto, a su vez, implicó una virtual abolición del concepto de guerra justa.