Uno de los tripulantes del navío había aconsejado que se llenase de barro el féretro para poder trasladar más tarde los restos. Diez semanas después, se procedió a abrir la tumba. Al quitar el barro del rostro, los presentes descubrieron que se conservaba perfectamente fresco y que no había perdido el color; también el resto del cuerpo estaba incorrupto y sólo olía a barro. El cuerpo fue trasladado a Malaca, donde todos salieron a recibirlo con gran gozo, excepto Don Alvaro de Ataide. Al fin del año, fue trasladado a Goa, donde los médicos comprobaron que se hallaba incorrupto. Ahí reposa todavía, en la iglesia del Buen Jesús.
Francisco Javier fue canonizado en 1622, al mismo tiempo que Ignacio de Loyola, Teresa de Avila, Felipe Neri e Isidro el Labrador.