San Ignacio le nombró provincial de la Compañía de Jesús en España. San Francisco de Borja dio muestras de su celo y, en toda ocasión expresaba su esperanza de que la Compañía de Jesús se distinguiese en el servicio de Dios por tres normas: la oración y los sacramentos, la oposición a la mentalidad del mundo y la perfecta obediencia. Esas eran las características del alma del santo.
Dios utilizó a San Francisco de Borja para establecer la nueva orden en España. Fundó una multitud de casas y colegios durante sus años de general. Ello no le impedía, sin embargo, preocuparse por su familia y por los asuntos de España. Por ejemplo, dulcificó los últimos momentos de Juana la Loca, quien había perdido la razón cincuenta años antes, a raíz de la muerte de su esposo y, desde entonces, había experimentado una extraña aversión por el clero.
Al año siguiente, poco después de la muerte de San Ignacio, Carlos V abdicó, se enclaustró en el monasterio de Yuste y mandó llamar a San Francisco. El emperador nunca había sentido predilección por la Compañía de Jesús y declaró al santo que no estaba contento de que hubiese escogido esa orden. Éste confesó los motivos por los que se había hecho jesuita y afirmó que Dios le había llamado a un estado el que se uniese la acción a la contemplación y en el que se viese libre de dignidades que le habían acosado en el mundo.
Aclaró que, por cierto la Compañía de Jesús era una orden nueva, pero el fervor de sus miembros valía más que la antigüedad, ya que "la antigüedad no es una garantía de fervor". Con eso quedaron disipados los prejuicios de Carlos V.