En todas las ciudades por donde pasaba, Juan de Ávila procuraba dejar la fundación de algún colegio o centro de formación y estudio. Sin duda, la fundación más celebre fue la Universidad de Baeza (Jaén). La línea de actuación que allí impuso era común a todos sus colegios, como puede verse plasmada en los Memoriales al Concilio de Trento, donde pide la creación de seminarios, para una verdadera reforma de la Iglesia y del clero.
Predicando el Evangelio.
Es la definición que mejor cuadra a Juan de Ávila: predicador. Éste es precisamente el epitafio que aparece en su sepulcro: “mesor eram”. El centro de su mensaje era Cristo crucificado, siendo fiel discípulo de san Pablo. Predicaba tanto en las iglesias como incluso en las calles. Sus palabras iban directamente a provocar la conversión, la limpieza de corazón. El contenido de su predicación era siempre profundo, con una teología muy escriturística. Pero ésta estaba sobre todo precedida de una intensa oración. Cuando le preguntaban qué había que hacer para predicar bien, respondía: ‘amar mucho a Dios’.
Los textos de los sermones de san Juan de Ávila están acomodados al tiempo litúrgico. Los temas principales son la Eucaristía, el Espíritu Santo, la pasión, el tiempo litúrgico; siendo el tema predilecto para los clérigos el del sacerdocio. La fuerza de su predicación se basaba en la oración, sacrificio, estudio y ejemplo. Podía hablar claro quien había renunciado a varios obispados y al cardenalato, y quien no aceptaba limosnas ni estipendios por los sermones, ni hospedaje en la casa de los ricos o en los palacios episcopales. El desprecio y conocimiento de sí mismo era el secreto para guardar el equilibrio al reprender a los demás, considerándose siempre inferior a los demás.
Su modelo de predicador era san Pablo, al que procuraba imitar sobre todo en el conocimiento del misterio de Cristo. Afirma su biógrafo el Lic. Muñoz que “no predicaba sermón sin que por muchas horas la oración le precediese”, ya que “su principal librería” era el crucifijo y el Santísimo Sacramento.
La misión apostólica de la predicación era precisamente uno de los objetivos de la fundación de sus colegios de clérigos. Ésta era también una de las finalidades de los Memoriales dirigidos al Concilio de Trento.