Miguel amaba a su familia, especialmente a sus dos hermanas, las cuales entraron a la vida religiosa. Esto enfureció a Miguel. Viendo cuánto había afectado a Miguel la entrada de sus hermanas al convento, su mamá decidió invitarlo a un retiro. De allí salió Miguel transformado y decidido a ser sacerdote jesuita.
El 11 de agosto de 1911 entró al seminario de El Llano, Michoacán. Tenía veinte años. En esta época contrajo una enfermedad mortal, la cual supo siempre ocultar muy bien detrás de su rostro alegre. A pesar de sus comedias y gran sentido del humor, Miguel fue un novicio y religioso grandemente observador de la Regla y de sus estudios.
En una ocasión fue preciso que todos escaparan del seminario debido a la persecución contra la Iglesia. Aquí comienza el capítulo en la vida de Miguel Pro como héroe de la fe y genio en escurrirse de los opresores, para poder cumplir cabalmente su vocación sacerdotal.
El riesgo se convirtió en el estilo de vida de los sacerdotes y religiosos de México, ya que incluso se había prohibido la celebración de la Santa Misa. Muchos fueron encarcelados, torturados y expulsados del país. Muy pronto, Miguel junto con otros seminaristas, recibieron la noticia de que debían marcharse y continuar sus estudios en California. Fue entonces la última vez que Miguel vio a su mamá en este mundo. Después de un tiempo, Miguel y sus compañeros embarcaron para España, en donde estuvieron cinco años.
Fue ordenado sacerdote el 31 de agosto de 1925.