A los 22 años, le dio una enfermedad terrible a la piel, semejante a la lepra, y todos creían que sería incurable. Entonces Francisco le hizo a Dios esta promesa: "Si me curas de esta enfermedad, dedicaré mi vida al sacerdocio y al apostolado". Así, curado de milagro, decidió cumplir con su promesa y empezó a prepararse para el sacerdocio. Se fue a Nápoles, y allá, apenas ordenado sacerdote se unió a un grupo de apostolado que se dedicaba a atender a los presos de las cárceles.
En el año 1588 un gran apóstol llamado Juan Adorno, dispuso fundar una comunidad religiosa que dedicara la mitad del tiempo a la oración y la otra mitad al apostolado. Para esto mandó una carta a un tal Ascanio Caracciolo, pidiéndole consejos acerca de este proyecto y proponiendo su colaboración. Pero, sucedió que los que llevaban la carta se equivocaron de destinatario y en vez de entregarla a Ascanio la entregaron a san Francisco Caracciolo. El, al leerla encontró que esta comunidad era lo que él había deseado por muchos años y junto con Juan Adorno fundaron la nueva congregación luego de 40 días de retiro espiritual en un monasterio de camaldulenses.
La nueva comunidad recibió el nombre de "Clérigos regulares".
Entre las normas de su reglamento se encontraban:
Cada día alguno de los religiosos hará ayuno (por que Jesús dijo: "Ciertos espíritus malos no se alejan sino con la oración y el ayuno").
Todo lo religioso pasará cada día al menos una hora en el templo en oración ante el Santísimo Sacramento.
Los religiosos prometerán no aspirar a cargos importantes ni a altos puestos.
El Papa Sixto V aprobó la nueva Congregación, y les fue concedida una casa junto a la famosa Basílica Santa María la Mayor. Pronto empezaron a llegarles muchos jóvenes con la aspiración de pertenecer a la comunidad. Los fervorosos religiosos se dedicaban a predicar misiones por pueblos y veredas y a hacer apostolados en las cárceles y hospitales. Tenían ciertos sitios apartados y solitarios para dedicarse a la oración y a la meditación.
Al morir su compañero a los 40 años, fue nombrado nuestro santo como superior general de la Congregación.
Poseía el don de curaciones. Muchas veces con la señal de la cruz devolvía la salud a los enfermos. Fundó una gran casa religiosa en Nápoles, que pronto se llenó de nuevos religiosos. Fundó también casas en Madrid, Valladolid y Alcalá en España.
En 1607 renunció a todos sus cargos y se dedicó a la oración y a la meditación. En su habitación, en Nápoles lo encontraron varias veces en el suelo, con los brazos en cruz, en éxtasis, orando y mirando al crucifijo absorto.
Las personas lo llamaban "El predicador del amor de Dios" porque predicaba constantemente la misericordia que Dios tiene con los pecadores. Además era fiel devoto de la Santísima Virgen.
Comenzó a sentirse enfermo el 1 de Junio, esto hizo que le mandara una carta a sus hermanos pidiéndoles que sean fieles a la regla. Luego de comulgar y recibir los sacramentos exclamaba "Vámonos, vámonos". Uno de los presente le preguntó: - ¿A dónde quieres ir Padre Francisco?" y él respondió: "¡Al cielo, al cielo!
Murió el 4 de junio del año 1608. Tenía apenas 44 años. Su cuerpo, después de muerto despedía suaves fragancias que por tres días llenaron aquel recinto.
Fue canonizado en 1807.