La fundación en Francia, procurada por Madame Acarie y su primo Pedro Berulle, había pasado por varios contratiempos que podéis leer en el artículo dedicado a esta santa mujer en este blog. En 1604 Berulle fue a España a buscar las religiosas necesarias, pero halló que la religiosa que más lo había procurado, la Gran María de San José, había fallecido. Berulle la sustituyó con Ana de San Bartolomé, cosa que no gustó ni al Nuncio ni a las demás monjas (Ana de Jesús Lobera, Leonor de San Bernardo, Isabel de los Ángeles, Isabel de San Pablo y Beatriz de la Concepción), pues Ana de San Bartolomé era una lega sin instrucción. Entraron en Francia el 29 de agosto de 1604, y llegaron a París el 15 de octubre. El 18 se fundaría el convento de la Encarnación, nombrando a Ana de Jesús como priora.
A los dos meses los superiores determinaron darle el velo negro de corista a Ana, que se negó rotundamente. Era necesario, para que fuera fundadora y priora, dada la posibilidad de hacer otras fundaciones. La Venerable Ana de Jesús se opuso fuertemente, diciendo que iba contra la Santa, que la había querido de velo blanco, que jamás se había visto que una lega cambiase al velo negro, y menos para ser priora y fundadora. Dice la Beata su autobiografía:
"La prelada [Ana de Jesús] no quería. Yo estaba sola y ella me tenía a veces en una celda una hora entera, diciéndome cosas de harta temeridad, que no los creyese, que me condenaría y que por mí se perdería y relajaría la Orden en Francia y en España".
Finalmente Berulle y los superiores harían su voluntad, y el 11 de enero de 1065 tomaría el velo negro. Dos días después sería encomendada como fundadora y priora de Pontoise. El 15 de enero llegó a la ciudad. No le fue fácil; estaba acostumbrada a obedecer, no a mandar. No podía enseñar a rezar el breviario a las cuatro novicias que entraron, pues no sabía leer latín. Ninguna hablaba español, ni ella hablaba francés. Finalmente, por un milagro, pues Ana de San Bartolomé tenía don de lenguas, lograron entenderse. Mientras, en París, la tensión entre Berulle y Ana de Jesús crecía, puesto que este, pretendía mantener a perpetuidad la autoridad sobre las carmelitas, en contra de lo acordado, que era que sólo sería hasta que los carmelitas descalzos entraran en Francia. Como no se preveía aún dicha fundación, Berulle maquinaba, y, todo sea dicho, los descalzos desentendidos de sus monjas. Pronto entendió Ana de San Bertolomé las verdaderas intenciones de Berulle de hacerla monja de coro: manipularla e influir en las monjas para imponer su propia visión de la vida religiosa reformada, valiéndose de una figura tan cercana a la Santa Madre como Ana de San Bartolomé. Pero no contaba con el temple de una hija de Santa Teresa como era la Beata.
Ana de Jesús dejó París, y fue de fundadora a Dijon, por lo que Ana de San Bartolomé fue mandada de priora a París, y para que las monjas de Pontoise no protestaran, la sacaron disfrazada de hombre. Toda una locura e improvisación por parte de Berulle y compañía. Milagros casi eran necesarios para que todo aquello prosperase. El primer año le fue bien, pero al cabo, las tensiones de Berulle con las monjas se acentuaron y Ana de San Bartolomé las padeció. La acusaron de pretender introducir a los frailes (¡como si ese no fuese el "convenio"!) para librarse de su obediencia. Comenzaron a sembrar cizaña entre las monjas francesas contra la beata, diciéndoles (según cuenta Ana en su autobiografía):
"No tratéis con la Madre vuestras almas, que su espíritu no es para vosotras. Ella es extranjera, y más, española. No os fiéis de ella, que si quiere a los frailes, os darán una vida muy cruel. Son recios; no es para vosotras su término".
Menuda cara dura, cuando el rigorismo del Carmelo francés fue obra suya y no de los frailes ni monjas españolas. Más aún, Berulle gobernaba el monasterio, aceptando o echando monjas, cambiando oficios a su antojo, o poniendo o quitando prácticas de devoción o penitencias, sin contar con la priora para nada. O más, diciéndole "que no tengo que tener pena ni cuidado, que ellos lo tendrán". La vigilaba, le ponía una monja espía de tornera o de compañera, prohibía a las monjas y a ella misma elegir confesor, a las monjas que le hablaran cualquier cosa de espíritu, siendo esto contra la regla y constituciones teresianas.
En 1608 logró salir de allí, para fundar en Tours, donde le tocó otra persecución era ciudad casi totalmente protestantizada, y las calumnias llovieron sobre ella y las monjas: que si vivían con sacerdotes, que si una prostituta era monja allí, que si tenían hijos a escondidas. Y tampoco tuvo paz: la supriora era afín a Berulle y le informaba de cada paso que daba la beata. Llegaron a interceptarle las cartas que enviaba y recibía de España. En 1611 quiso volver a París, ya que, al fin, los descalzos estaban a punto de fundar. Berulle aceptó, pero le prohibió pidiese la obediencia a los descalzos, pues "ellas eran suyas" (!). Pero el General envió una orden a Ana para que fundase en Flandes, lo que enfureció a Berulle que quiso hacerla negarse y que le prestara obediencia. Ella, claro está, se negó rotundamente y fue castigada. Pero no osó Berulle contradecir al General y en octubre de 1611 partió Ana de San Bartolomé hacia Flandes. Y dice:
"Salí antes del amanecer fuera del lugar adonde me llevaron, que estaban allí los religiosos aguardando. Dios me dio tan grande consuelo de verme vuelta a la Orden que me parecía estaba como cuando echan una piedra en un pozo y se va al centro y allí reposa como en su gloria y paraíso".