El 11 de enero de 1945 fue juzgado por el tribunal popular presidido por el juez Roland Freisler. Lo acusaron de alta traición y fue condenado a morir en la horca.
El tribunal no lo halló culpable de haber participado en el complot del 20 de julio de 1944, pero su dedicación al Círculo de Kreisau, su servicio como sacerdote jesuita y su visión cristiana fueron elementos que bastaron para condenarlo.
Según señala el sitio web IgnatianSpirituality.com, un servicio de Loyola Press, la Gestapo le ofreció liberarlo si renunciaba a la Compañía de Jesús, pero se rehusó y fue ejecutado el 2 de febrero de 1945. Su cuerpo fue cremado y sus cenizas fueron esparcidas en un lugar desconocido.
Freisler, el famoso juez que presidía el tribunal que lo condenó, murió al día siguiente en un bombardeo mientras juzgaba a uno de los que sí participó en el complot contra Hitler.