Sobre las leyes sobre transexualidad impuestas en algunas comunidades autónomas, como es el caso de Andalucía, los Obispos del Sur advierten que pretende aplicar hormonas al niño desde pequeño, proceder a operar tan pronto como se pueda y desde el primer momento adaptarle al entorno social, cambiándole el nombre y la forma de vestir.
Además esta ley "prohíbe cualquier tratamiento que pueda ayudar al niño a reconocerse en lo que es", negándole la posibilidad de asistir a "terapias que busquen armonizar el sexo corporal y el psicológico, aún con el consentimiento de la persona y de sus representantes legales".
También "se prohíbe que al niño se le pueda hacer un examen médico-psicológico riguroso" que determine de forma "objetiva y científica" la existencia real de disforia de género, por lo que se actúa "teniendo en cuenta únicamente la 'identidad sentida'".
En las indicaciones también incluyen cómo ayudar a personas con transexualidad, y animan a "tomar conciencia" de que estas personas "necesitan siempre tratamiento médico" y éste no puede ser considerado "de forma ideologizada, sino buscando el nivel de salud física, psíquica y relacional más alto y satisfactorio que sea posible". "No podemos aceptar una medicina del deseo, que deja de lado la ética médica", afirman.