Como fruto del encargo papal, Belarmino publicó Controversias, libro que llegó a ser de lectura obligatoria para apologistas y teólogos deseosos de esclarecer las confusiones doctrinales que la expansión de las Iglesias protestantes trajo consigo. Entre quienes se reconocieron influenciados por este notable texto estuvo nada menos que San Francisco de Sales.
San Roberto dirigió una edición revisada de la Biblia (Vulgata) y redactó dos versiones del Catecismo de la Iglesia Católica: el Catecismo resumido y el Catecismo explicado. Ambos textos fueron traducidos a varios idiomas y se les consideró de uso común hasta el siglo XIX. Asimismo, el santo se desempeñó como director espiritual por años sirviendo a distintos tipos de personas. Quizás el más célebre de sus dirigidos haya sido San Luis Gonzaga.
Por razones como esta, San Roberto Belarmino, a pesar de pertenecer a la Compañía de Jesús y haber prometido no aspirar a cargos eclesiales, fue nombrado arzobispo; y no solo eso sino que años más tarde llegaría a ser creado cardenal.
El Papa Clemente VIII, el 3 de marzo de 1599, declaraba frente a la curia: “Hemos elegido a este hombre porque no hay en la Iglesia de Dios alguien que se le iguale en deseo de aprender”.