En 1267, por voto unánime, Felipe fue elegido prior general de los servitas. Como primera labor, visitó los conventos de la Orden ubicados en el norte de Italia, invitando a todos a convertirse y someterse a la protección de la Madre de Dios. Tiempo después, San Felipe iniciaría otra ronda de visitas a los conventos de Alemania y Francia.
Negativa al papado y suspensión de su Orden
En 1269, durante el cónclave de Viterbo, reunido para elegir al sucesor del Papa Clemente IV, el nombre de Benizi circuló con fuerza como probable Papa. Felipe, quien sabía de sus fragilidades, no se consideraba digno de semejante cargo, por lo que huyó de la ciudad y se refugió en una cueva (la famosa Grotta di San Filippo Benizi) en el Monte Amiata. En 1274 intervino en el segundo Concilio de Lyón que, siguiendo las directrices del IV Concilio de Letrán, prohibía la fundación de nuevas órdenes religiosas y suprimía las órdenes mendicantes que aún no habían sido aprobadas por la Santa Sede.
En 1276 el Papa Inocencio V declaró suprimida su Orden. Felipe se dirigió entonces a Roma, pero antes de su llegada, el Papa Inocencio murió. El restablecimiento de la Orden recién llegaría con el Papa Juan XXI. A partir de entonces empezaría un renacer de los servitas.