Semanas después, Canisio lo envió a Roma, donde fue recibido por el general de la Orden, Francisco de Borja -también declarado santo posteriormente-, quien lo admitió en el noviciado. Estanislao recibió una carta de su padre en la que lo reprendía duramente y amenazaba a los jesuitas con ser expulsados de Polonia. El joven santo le respondió de manera filial, pero también le expresó con firmeza su decisión vocacional.
Dejando todo en las manos del Señor, se entregó a la práctica de la oración constante. Cuando entraba a la Iglesia su rostro se encendía y con frecuencia era arrebatado en éxtasis durante la Misa, especialmente después de la comunión.
En el mes de la Asunción
El primer día de agosto de 1568, Pedro Canisio, de paso en Roma, se reunió con los novicios jesuitas para darles una plática sobre la urgencia de vivir la vida en constante conversión, condición para ir al cielo. Después de la plática, Estanislao dijo en frente de sus compañeros: "El padre Canisio nos ha exhortado a caminar con rapidez por la senda de la vida; pero su exhortación para mí ha sido un presagio de mi muerte".