Preocupación por el clero
Después de mucho orar, reflexionar y consultar, San Juan Eudes abandonó la Congregación del Oratorio en 1643. La experiencia le enseñó que el clero necesitaba reformarse antes que los fieles y que la congregación sólo podría conseguir su fin mediante la fundación de seminarios. Entonces el Juan decidió formar una asociación de sacerdotes diocesanos, cuyo fin principal sería la creación de seminarios para formar un clero parroquial mucho más cuidadoso.
La nueva asociación fue fundada el día de la Anunciación de 1643, en Caen, con el nombre de Congregación de Jesús y María. Sus miembros, como los del oratorio, eran sacerdotes diocesanos que no estaban obligados por ningún voto. El distintivo de la congregación era el Corazón de Jesús, en el que estaba incluido místicamente el de María.
En 1650, mientras se hallaba en misión, el P. Eudes recibió la noticia de que el obispo de Bayeux acababa de aprobar la congregación de las Hermanas de Nuestra Señora de la Caridad del Refugio, formada por las religiosas que atendían a las mujeres arrepentidas de Caen. En 1653, San Juan fundó en Lisieux un seminario, al que siguió otro en Rouen en 1659.