Estudió latín y griego pero no tenía el nivel que se requería para ingresar al seminario benedictino de St.Vincent Archabbey. El sacerdote que lo guiaba propuso enviarlo a otro seminario pero el rector quiso admitirlo y le concedió un año de prueba.
"Si, yo rezaba, pero tenía que estudiar. Si tú oras pero no has estudiado no conseguirás tus propósitos. Dios no hace milagros así", dijo al diario OSV Newsweekly. El P. Topper consideró que ese tiempo de preparación para el sacerdocio fue "una experiencia maravillosa" y recordó a sus profesores como hombres "dedicados y santos".
El 6 de junio de 1936 fue ordenado sacerdote por el Obispo de Harrisburg, Mons. George L.Leech y le asignaron su primera tarea en la parroquia Immaculate Conception of the Blessed Virgin Mary: recoger en el auto del párroco a las familias que no tenían cómo llegar a la iglesia.