Esto hizo que hubiese persecuciones para que los fieles abandonaran la religión y volvieran al budismo.
En ese contexto, el P. Nicolás tocó las campanas del templo para anunciar la Misa el 12 de enero de 1941. Fue detenido y recluido en la cárcel de Khorat. Luego de pasar por un tribunal militar y comprobada su condición de sacerdote, fue condenado a quince años de confinamiento vigilado.
Al poco tiempo de estar en la celda le detectaron tuberculosis, entonces fue trasladado a la cárcel de Bang Khwang con otros enfermos.
A pesar de las burlas y el desprecio del resto, el P. Nicolás no perdió la serenidad y la confianza en Dios. Manifestó siempre su perdón a sus agresores y aprovechó el tiempo anunciando el Evangelio a sus compañeros de prisión, logrando algunas conversiones.