Tras la liberación de Italia en 1945, al finalizar la guerra, se dedicó a enseñar a los jóvenes la importancia de la democracia. En 1949 fundó un periódico llamado Adesso con el fin de evangelizar a los pobres y campesinos.
En 1954 el Santo Oficio, que luego cambiaría de nombre a la Congregación para la Doctrina de la Fe, le prohibió escribir y predicar fuera de la diócesis de Cremona.
A pesar de esta medida, el sacerdote sintió el deber moral de no dejar de escribir y publicó un año después de forma anónima el texto "No Matarás", donde habla sobre la guerra y la paz.
En los años siguientes la Iglesia Católica comenzó a reconocer la importancia de sus aportes y críticas. En noviembre de 1957 el entonces Arzobispo de Milán, Cardenal Giovanni Battista Montini, lo invitó a predicar en su diócesis. Cuando fue elegido a la Sede de Pedro y se convirtió en el Papa Pablo VI, dijo que el P. Mazzolari "caminaba adelante con un paso largo, y con frecuencia no se le podía seguir el ritmo. Y así sufrió él y hemos sufrido también nosotros. Es el destino de los profetas'".