El P. Funes se licenció en Astronomía en el año 1985, posteriormente ingresó en la Compañía de Jesús, y después de su ordenación sacerdotal, se doctoró en astrofísica en la Universidad de Padua, Italia. Posteriormente, los superiores de su congregación lo destinaron como astrónomo al Observatorio Vaticano, y en el año 2006, el Papa Benedicto XVI, lo nombró director del organismo.
Para el P. Funes, dirigir el Observatorio es un reto, "porque se trata de hacer de puente, un puente entre la Iglesia Católica y los científicos, en particular los astrónomos. Es un desafío que entusiasma, que también permite llegar a más público, porque hay temas muy interesantes, el origen del universo, la posibilidad de vida extraterrestre".
En este sentido, explicó que la relación entre ciencia y fe ocupa un lugar muy importante para el Santo Padre, "se puede ver en sus homilías, en sus discursos…en particular, para el Observatorio Vaticano y para los otros observatorios también en el mundo, 2009 fue una época muy importante, porque fue el año internacional para la astronomía, durante ese año, el Papa se refirió varias veces a la astronomía en particular, y en ese año, el Papa inauguró las nuevas instalaciones del observatorio".
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