En el programa de Radio María, el Obispo de San Sebastián también recordó las palabras del Papa Francisco sobre el proceso separatista en una entrevista concedida al diario catalán La Vanguardia en junio de 2014.
Preguntado si le preocupaba el conflicto entre Cataluña y España el Papa respondió:
"Toda división me preocupa. Hay independencia por emancipación y hay independencia por secesión. Las independencias por emancipación, por ejemplo, son las americanas, que se emanciparon de los estados europeos. Las independencias de pueblos por secesión es un desmembramiento, a veces es muy obvio. Pensemos en la antigua Yugoslavia. Obviamente, hay pueblos con culturas tan diversas que ni con cola se podían pegar. El caso yugoslavo es muy claro, pero yo me pregunto si es tan claro en otros casos, en otros pueblos que hasta ahora han estado juntos. Hay que estudiar caso por caso. Escocia, la Padania, Catalunya Habrán casos que serán justos y casos que no serán justos, pero la secesión de una nación sin un antecedente de unidad forzosa hay que tomarla con muchas pinzas y analizarla caso por caso".
Mons. Munilla, recogiendo estas palabras del Papa, apuntó que "la Doctrina Social Católica habla del derecho a la autodeterminación de los pueblos", pero este "no se puede aplicar de manera indiscriminada e indistinta".