La bandera fue izada a las 7:30 a.m. (hora local) sin ceremonia, simplemente se colocó junto a la de los países miembros de la ONU, unos 40 minutos antes de la llegada del Santo Padre.
Hace unos días la ONU publicó un comunicado en el que explicó que "después de consultar con la Santa Sede, las Naciones Unidas izarán por primera vez la bandera de la Santa Sede la mañana del 25 de septiembre, de tal forma que será expuesta para la llegada del Papa Francisco en la Sede de las Naciones Unidas".
La Santa Sede es uno de los dos Estados reconocidos a nivel mundial como soberanos que no son miembros de la ONU pero posee calidad de Observador, junto a Palestina. En julio de 2004, recibió todos los derechos de una incorporación plena a excepción del derecho a voto y son habituales las intervenciones de su actual Observador Permanente, el Arzobispo filipino Bernardito Auza.