Las librerías de la Biblioteca Apostólica Vaticana albergan una parte importante destacable de la memoria editorial de la humanidad. Incluyen más de 80.000 manuscritos antiguos y 2 millones de libros impresos (8.600 de ellos son "incunables", es decir, impresos antes de 1501); una colección gráfica (dibujos, mapas, grabados, fotografías), 150.000 documentos; una gran colección de monedas y medallas (300.000 piezas, y una importantísima colección de archivos (100.000 unidades).
Entre las joyas de sus colecciones se encuentran documentos como las ilustraciones de Botticelli para la Divina Comedia; la República de Cicerón, único testimonio de la obra que ha sobrevivido; un papiro que contiene los Evangelios de Lucas y Juan del siglo III, el manuscrito más antiguo conservado en la Biblioteca Apostólica Vaticana.
Actualmente, la Biblioteca está digitalizando y publicando en línea todos los manuscritos que alberga. El proyecto comenzó en 2012, tras un periodo de prueba. Cuando es necesario, los manuscritos reciben tratamientos de conservación o se restauran antes de su digitalización; hasta ahora se han digitalizado y publicado en línea 30.0000 manuscritos, gracias al apoyo de muchos benefactores, y especialmente gracias a la Fundación Santuario de la Cultura, que apoya generosamente la digitalización y la restauración de manuscritos, así como otros proyectos; también patrocinó la realización de la Sala de Exposiciones Kerkorian, que desde 2021 acoge exposiciones organizadas por la Biblioteca.
Recientemente se ha activado una nueva colaboración entre la Biblioteca del Papa y la Fundación Colnaghi, prestigiosa galería de arte fundada en 1760, con el fin preciso de trabajar juntos en el proyecto de la Sección Archivos de la Biblioteca Apostólica Vaticana.
El acuerdo firmado, de cinco años de duración, prevé la restauración y la reorganización de los almacenes de la Sección Archivos, lo que mejorará en el futuro la conservación de los documentos que abarcan un arco temporal que va del siglo X al XX. Muchos de esos documentos llegaron con los fondos bibliográficos de poderosas familias de Roma, como los archivos Barberini y Chigi, pero también hay muchos recibidos de otras instituciones. Los fondos archivísticos incluyen documentos de excepcional valor histórico.
El proyecto, que supone la reorganización completa de la sección, incluidos nuevos sistemas y reformas de las estanterías, correrá a cargo del estudio David Chipperfield, fundado por el célebre arquitecto británico afincado en Londres hace 40 años.